GeneCore

GeneCore Facility, fungující v rámci Biotechnologického ústavu Akademie věd České republiky, je přední akademická laboratoř specializující se na poskytování špičkových transkriptomických služeb. S více než 18 lety zkušeností v oboru se zaměřujeme na jednobuněčnou a prostorovou transkriptomiku a poskytujeme komplexní podporu od návrhu experimentu po analýzu dat.

Naše odbornost

V GeneCore Facility se zaměřujeme na poskytování pokročilých technik pro transkriptomickou analýzu. Naše špičková laboratoř je vybavena nejmodernější technologií, což nám umožňuje navrhovat experimenty pro široké spektrum výzkumných cílů.

Jednobuněčné profilování

S našimi znalostmi v oblasti jednobuněčného profilování umožňujeme výzkumníkům zkoumat buněčnou diverzitu, heterogenitu a expresi genů na úrovni jednotlivých buněk. Díky pečlivé kontrole kvality vzorků a ověřené přípravě knihoven dodáváme přesné a spolehlivé výsledky, zajistíme tak vysokou kvalitu dat pro vaše výzkumné potřeby.

Prostorová transkriptomika

Kromě toho naše laboratoř disponuje pokročilou technologií prostorové transkriptomiky, která umožňuje výzkumníkům vizualizovat exprese genů ve vzorcích tkání. Charakterizací prostorové organizace poskytujeme nepostradatelné poznatky o architektuře a funkci tkáně.

Náš cíl

Primárním cílem GeneCore Facility je podpora průlomových výzkumů v rámci Biotechnologického ústavu Akademie věd České republiky i mimo něj. Úzce spolupracujeme s předními vědci a využíváme nejnovější transkriptomické platformy k poskytování výjimečných služeb v oblasti jednobuněčné a prostorové transkriptomiky.

Podpora excelentního výzkumu

V souladu s misí a vizí Biotechnologického ústavu Akademie věd České republiky naše služby přispívají k různorodým výzkumným iniciativám zaměřeným na odhalování biomolekulárních mechanismů. Pomocí hlubšího porozumění složitých onemocnění a buněčné dynamiky otevíráme cestu k vývoji léčiv nové generace a inovativních biotechnologií.

Kontaktujte nás

Spojte se s GeneCore Facility a odhalte potenciál transkriptomické analýzy. Kontaktujte nás s konkrétními požadavky na Váš projekt a zjistěte, jak můžeme podpořit Váš výzkum a inovace prostřednictvím naší odbornosti.

Spatial transcriptomics:

• Spatiotemporal transcriptomic map of ischemic brain injury. Zucha D, Abaffy P, Kirdajova D, Jirak D, Anderova M, Kubista M, Valihrach L. BioRxiv 2023.03.28.534553; doi: 10.1101/2023.03.28.534553.

Single-cell RNA-seq

• Spatiotemporal transcriptomic map of ischemic brain injury. Zucha D, Abaffy P, Kirdajova D, Jirak D, Anderova M, Kubista M, Valihrach L. BioRxiv 2023.03.28.534553; doi: 10.1101/2023.03.28.534553.
• Cortical glia in SOD1(G93A) mice are subtly affected by ALS-like pathology. Filipi T, Matusova Z, Abaffy P, Vanatko O, Tureckova J, Benesova S, Kubiskova M, Kirdajova D, Zahumensky J, Valihrach L, Anderova M. Sci Rep. 2023 Apr 21;13(1):6538. doi: 10.1038/s41598-023-33608-y. PMID: 37085528.
• Transient astrocyte-like NG2 glia subpopulation emerges solely following permanent brain ischemia. Kirdajova D, Valihrach L, Valny M, Kriska J, Krocianova D, Benesova S, Abaffy P, Zucha D, Klassen R, Kolenicova D, Honsa P, Kubista M, Anderova M. Glia. 2021 Nov;69(11):2658-2681. doi: 10.1002/glia.24064. Epub 2021 Jul 27. PMID: 34314531.

Bulk RNA-seq

• Complement C3a treatment accelerates recovery after stroke via modulation of astrocyte reactivity and cortical connectivity. Stokowska A, Aswendt M, Zucha D, Lohmann S, Wieters F, Morán Suarez J, Atkins AL, Li Y, Miteva M, Lewin J, Wiedermann D, Diedenhofen M, Torinsson Naluai Å, Abaffy P, Valihrach L, Kubista M, Hoehn M, Pekny M, Pekna M. J Clin Invest. 2023 May 15;133(10):e162253. doi: 10.1172/JCI162253. PMID: 36995772.
• ISL1 controls pancreatic alpha cell fate and beta cell maturation. Bohuslavova R, Fabriciova V, Lebrón-Mora L, Malfatti J, Smolik O, Valihrach L, Benesova S, Zucha D, Berkova Z, Saudek F, Evans SM, Pavlinkova G. Cell Biosci. 2023 Mar 10;13(1):53.
• Glioblastoma and cerebral organoids: development and analysis of an in vitro model for glioblastoma migration. Fedorova V, Pospisilova V, Vanova T, Amruz Cerna K, Abaffy P, Sedmik J, Raska J, Vochyanova S, Matusova Z, Houserova J, Valihrach L, Hodny Z, Bohaciakova D. Mol Oncol. 2023 Apr;17(4):647-663. doi: 10.1002/1878-0261.13389. Epub 2023 Feb 18. PMID: 36744875.
• ISL1 is necessary for auditory neuron development and contributes toward tonotopic organization. Filova I, Pysanenko K, Tavakoli M, Vochyanova S, Dvorakova M, Bohuslavova R, Smolik O, Fabriciova V, Hrabalova P, Benesova S, Valihrach L, Cerny J, Yamoah EN, Syka J, Fritzsch B, Pavlinkova G. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Sep 13;119(37):e2207433119. doi: 10.1073/pnas.2207433119. Epub 2022 Sep 8. PMID: 36074819.
• Decoding the Transcriptional Response to Ischemic Stroke in Young and Aged Mouse Brain. Androvic P, Kirdajova D, Tureckova J, Zucha D, Rohlova E, Abaffy P, Kriska J, Valny M, Anderova M, Kubista M, Valihrach L. Cell Rep. 2020 Jun 16;31(11):107777. doi: 10.1016/j.celrep.2020.107777. PMID: 32553170.

scRT-qPCR

• Compromised Astrocyte Swelling/Volume Regulation in the Hippocampus of the Triple Transgenic Mouse Model of Alzheimer's Disease. Tureckova J, Kamenicka M, Kolenicova D, Filipi T, Hermanova Z, Kriska J, Meszarosova L, Pukajova B, Valihrach L, Androvic P, Zucha D, Chmelova M, Vargova L, Anderova M. Front Aging Neurosci. 2022 Jan 27;13:783120. doi: 10.3389/fnagi.2021.783120. PMID: 35153718.
• Tutorial: Guidelines for Single-Cell RT-qPCR. Zucha D, Kubista M, Valihrach L. Cells. 2021 Sep 30;10(10):2607. doi: 10.3390/cells10102607. PMID: 34685587.
• High potassium exposure reveals the altered ability of astrocytes to regulate their volume in the aged hippocampus of GFAP/EGFP mice. Kolenicova D, Tureckova J, Pukajova B, Harantova L, Kriska J, Kirdajova D, Vorisek I, Kamenicka M, Valihrach L, Androvic P, Kubista M, Vargova L, Anderova M. Neurobiol Aging. 2020 Feb;86:162-181. doi: 10.1016/j.neurobiolaging.2019.10.009. Epub 2019 Oct 22. PMID: 31757575.
• Performance Comparison of Reverse Transcriptases for Single-Cell Studies. Zucha D, Androvic P, Kubista M, Valihrach L. Clin Chem. 2020 Jan 1;66(1):217-228. doi: 10.1373/clinchem.2019.307835. PMID: 31699702.
• A single-cell analysis reveals multiple roles of oligodendroglial lineage cells during post-ischemic regeneration. Valny M, Honsa P, Waloschkova E, Matuskova H, Kriska J, Kirdajova D, Androvic P, Valihrach L, Kubista M, Anderova M. Glia. 2018 May;66(5):1068-1081. doi: 10.1002/glia.23301. Epub 2018 Feb 2. PMID: 29393544.
• Generation of reactive astrocytes from NG2 cells is regulated by sonic hedgehog. Honsa P, Valny M, Kriska J, Matuskova H, Harantova L, Kirdajova D, Valihrach L, Androvic P, Kubista M, Anderova M. Glia. 2016 Sep;64(9):1518-31. doi: 10.1002/glia.23019. Epub 2016 Jun 24. PMID: 27340757

miRNA profiling

• Small RNA-Sequencing for Analysis of Circulating miRNAs: Benchmark Study. Androvic P, Benesova S, Rohlova E, Kubista M, Valihrach L. J Mol Diagn. 2022 Apr;24(4):386-394. doi: 10.1016/j.jmoldx.2021.12.006. Epub 2022 Jan 23. PMID: 35081459.
• Small RNA-Sequencing: Approaches and Considerations for miRNA Analysis. Benesova S, Kubista M, Valihrach L. Diagnostics (Basel). 2021 May 27;11(6):964. doi: 10.3390/diagnostics11060964. PMID: 34071824.
• Circulating miRNA analysis for cancer diagnostics and therapy. Valihrach L, Androvic P, Kubista M. Mol Aspects Med. 2020 Apr;72:100825. doi: 10.1016/j.mam.2019.10.002. Epub 2019 Oct 18. PMID: 31635843.
• Two-tailed RT-qPCR panel for quality control of circulating microRNA studies. Androvic P, Romanyuk N, Urdzikova-Machova L, Rohlova E, Kubista M, Valihrach L. Sci Rep. 2019 Mar 12;9(1):4255. doi: 10.1038/s41598-019-40513-w. PMID: 30862831.
• Two-tailed RT-qPCR: a novel method for highly accurate miRNA quantification. Androvic P, Valihrach L, Elling J, Sjoback R, Kubista M. Nucleic Acids Res. 2017 Sep 6;45(15):e144. doi: 10.1093/nar/gkx588. PMID: 28911110.

Naše služby pokrývají kompletní proces transcriptomové analýzy, který zahrnuje návrh experimentu, přípravu vzorků a kontrolu jejich kvality, přípravu knihoven, RNA-sekvenování a analýzu dat. Tyto služby jsou dostupné pro interní, akademické i externí komerční uživatele. Ceny jsou uváděny v CZK bez DPH, s podrobnými nabídkami k dispozici na vyžádání. Pro dotazy prosím kontaktujte Evu Rohlovou - eva.rohlova@ibt.cas.cz.

Bulková Transkriptomika

Popis metody: RNA-sekvenování analyzuje kompletní transkriptom ve vzorku tkáně nebo buněčné kultury.

Ověřené kity na přípravu knihoven: QuantSeq 3’ mRNA-Seq V2 Library Prep Kit from Lexogen (link); SureSelect XT HS2 mRNA Library Preparation Kit (link); NEBNext® Ultra™ II Directional RNA Library Prep Kit (link); NEBNext® Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit (link); RealSeq®-AC and RealSeq®-Biofluids (link).

Vstupní vzorek: Tkáně, buňky, RNA vzorek dostatečné kvality.

Výstup: Sada knihoven připravená k sekvenování.

Dodací lhůta: 2-3 týdny.

Informační cena: Od 1 500 CZK za vzorek.*

Jednobuněčná transkriptomika od společnosti 10x Genomics

Popis metody: Široce využívaná metoda pro jednobuněčnou multiomiku se širokým spektrem aplikací (link).

Vstupní vzorek: Disociované čerstvé nebo fixované buňky v dostatečném množství a kvalitě (obvykle > 100 tis. buněk) nebo část tkáně pro analýzu jader.

Výstup: Sada knihoven připravená k sekvenování.

Dodací lhůta: 2-3 týdny.

Informační cena: Od 40 000 CZK za vzorek.*

Jednobuněčná transkriptomika od společnosti ParseBiosciences

Popis metody: Technologie kombinatorního barkodování s vysokou multiplexovací kapacitou (link).

Vstupní vzorek: Disociované čerstvé nebo fixované buňky v dostatečném množství a kvalitě (obvykle > 200 tis. buněk) nebo část tkáně pro analýzu jader.

Výstup: Sada knihoven připravená k sekvenování.

Dodací lhůta: 2-3 týdny.

Informační cena: Od 10 000 CZK za vzorek.*

Jednobuněčná transkriptomika od společnosti FluentBiosciences

Popis metody: Škálovatelná a cenově efektivní technologie s vysokou mírou záchytu buněk (link).

Vstupní vzorek: Disociované čerstvé buňky dostatečné kvality (od 10 tis. buněk).

Výstup: Sada knihoven připravená k sekvenování.

Dodací lhůta: 2-3 týdny.

Informační cena: Od 10 000 CZK za vzorek.*

Jednobuněčná transkriptomika v 384-jamkových destičkách (Smart-seq3xpress)

Popis metody: Příprava knihoven (full-lenght) na základě protokolu Smart-seq3xpress (link).

Vstupní vzorek: Individuální buňky nebo mini-bulky sbírané v destičkách s 384 jamkami.

Výstup: Sada knihoven připravená k sekvenování.

Dodací lhůta: 2-3 týdny.

Informační cena: Od 15 000 CZK za destičku s 384 jamkami.

Prostorová transkriptomika od společnosti 10x Genomics

Popis metody: Široce využívaná metoda pro prostorovou transkriptomiku s širším spektrem aplikací (link).

Vstupní vzorek: Čerstvě zamražené (FF) nebo formalínem fixované a parafínem zalité (FFPE) tkáně nebo řezy.

Výstup: Sada knihoven připravená k sekvenování.

Dodací lhůta: 2-3 týdny.

Informační cena: Od 50 000 CZK za vzorek.*

Sekvenační služby

Popis metody: Platforma NovaSeqX (link).

Vstup: Sada knihoven.

Výstup: Nezpracované sekvenační soubory.

Dodací lhůta: Na vyžádání.

Informační cena: Na vyžádání.

Anlýza dat

Popis metody: Základní analýza dat pro bulkovou i jednobuněčnou transkriptomiku.

Vstup: Nezpracované sekvenační soubory.

Výstup: Zpráva shrnující kvalitativní metriky, popisné statistiky a klíčové poznatky. Pokročilá analýza na vyžádání.

Dodací lhůta: Na vyžádání.

Informační cena: Na vyžádání.

Seznam dalších služeb:

Konzultace a experimentální návrh

Výběr metody, sběr vzorků, nástroje pro kontrolu kvality, pilotní experiment, možnosti analýzy dat

Příprava vzorků, zpracování a kontrola kvality

Extrakce RNA, posouzení kvality a množství RNA, kontrola kvality založená na RT-qPCR, posouzení viability buněk

Kvantitativní reverzní transkripční PCR

Návrh a validace primerů, eseje na kontrolu kvality, bulkové a jednobuněčné profilování RNA, vysokokapacitní mRNA profilování (platforma BioMark), profilování miRNA (Two-tailed RT-PCR), analýza dat

Digitální dropletová PCR

* Očekávaná cena závisí na počtu vzorků a liší se pro interní, akademické a externí komerční uživatele.

** Sekvenční služby jsou poskytovány pomocí platformy NovaSeqX, umístěné v budově BIOCEV a udržované 1. Lékařskou fakultou Univerzity Karlovy.

Přístroje

• CFX96 // BioRad // qPCR
• CFX384 // BioRad // qPCR
• LightCycler 480 II // Roche // qPCR
• QX200 // Biorad // dPCR
• Biomark // Fluidigm // vysokokapacitní qPCR
• EpMotion P5073 // Eppendorf // pipetovací robot
• Fragment Analyzer // Agilent // kapilární elekroforéza pro kontrolu kvality nukleových kyselin
• CellCelector™// ALS // automatický systém pro sběr jednotlivých buněk
• NanoDrop 8000 // Thermo Fisher Scientific // spektrofotometr
• Chromium Controller // 10x Genomics // příprava knihoven pro single cell analýzu

CFX96 // BioRad // qPCR

CFX384 // BioRad // qPCR

QX200 // Biorad // dPCR

Biomark // Fluidigm // vysokokapacitní qPCR

EpMotion P5073 // Eppendorf // pipetovací robot

Fragment Analyzer 5200// Agilent // kapilární elekroforéza pro kontrolu kvality nukleových kyselin

CellenOne // Cellenion // automatický systém pro sběr jednotlivých buněk nanodispenzor

Chromium Controller // 10x Genomics // Příprava knihoven pro single cell analýzu

PIPseq T2 3’ Single Cell Equipment // FluentBiosciences // Certifikované příslušenství pro přípravu knihove