GeneCore Facility

O nás

GeneCore Facility je špičková výzkumná laboratoř poskytující moderní transkriptomické služby. S více než 18 lety zkušeností v oboru se specializujeme na bulkovou, jednobuněčnou a prostorovou transkriptomiku a poskytujeme komplexní podporu od návrhu experimentu po analýzu dat.

Naše odbornost

V GeneCore Facility nabízíme širokou škálu technik pro transkriptomickou analýzu, od měření aktivity několika genů v omezeném počtu vzorků až po analýzu celého transkriptomu v milionech jednotlivých buňkách. Po úvodní konzultaci navrhujeme nejlepší experimentální řešení přizpůsobená konkrétním výzkumným otázkám a dostupnému rozpočtu. Díky přísné kontrole kvality vzorků a ověřeným protokolům zajišťujeme přesné a spolehlivé výsledky, které poskytují vysoce kvalitní data pro Vaše výzkumné potřeby.

Náš cíl

Primárním cílem GeneCore Facility je poskytovat moderní transkriptomické technologie české vědecké komunitě a podporovat excelentní výzkum. Úzce spolupracujeme s předními odborníky a poskytovateli technologií, abychom nabízeli služby využívající nejnovější pokroky v oboru.

Podpora excelentního výzkumu

V souladu s misí a vizí Biotechnologického ústavu Akademie věd České republiky naše služby přispívají k různorodým výzkumným iniciativám a otevírají cestu k vývoji léčiv nové generace a inovativních biotechnologií.

Kontaktujte nás

Spojte se s GeneCore Facility a odhalte potenciál transkriptomické analýzy. Kontaktujte nás na genecore@ibt.cas.cz s konkrétními požadavky na Váš projekt a zjistěte, jak můžeme podpořit Váš výzkum a inovace prostřednictvím naší odbornosti.

Poděkování

Žádáme všechny uživatele, aby v jakýchkoliv publikacích či prezentacích, které vznikly na základě práce provedené v GeneCore Facility, uvedli poděkování za naše služby. Příklad poděkování: "We acknowledge the support of the GeneCore Facility at the Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences for [popis konkrétní služby]."

Rovněž uvítáme, pokud nás budete informovat o nových publikacích, které vznikly s přispěním GeneCore Facility. Tyto publikace budou propagovány na sociálních sítích, zdůrazněny během seminářů pořádaných členy GeneCore Facility a zahrnuty do níže uvedeného seznamu publikací.

Vybrané publikace vzniklé za přispění GeneCore Facility:

Bulk RNA-seq

• HIF-1α limits myocardial infarction by promoting mitophagy in mouse hearts adapted to chronic hypoxia. Alanova P, Alan L, Opletalova B, Bohuslavova R, Abaffy P, Matejkova K, Holzerova K, Benak D, Kaludercic N, Menabo R, Di Lisa F, Ostadal B, Kolar F, Pavlinkova G. Acta Physiol (Oxf). 2024 Sep;240(9):e14202. doi: 10.1111/apha.14202. Epub 2024 Jul 17. PMID: 39016532.
• Complement C3a treatment accelerates recovery after stroke via modulation of astrocyte reactivity and cortical connectivity. Stokowska A, Aswendt M, Zucha D, Lohmann S, Wieters F, Morán Suarez J, Atkins AL, Li Y, Miteva M, Lewin J, Wiedermann D, Diedenhofen M, Torinsson Naluai Å, Abaffy P, Valihrach L, Kubista M, Hoehn M, Pekny M, Pekna M. J Clin Invest. 2023 May 15;133(10):e162253. doi: 10.1172/JCI162253. PMID: 36995772.
• ISL1 controls pancreatic alpha cell fate and beta cell maturation. Bohuslavova R, Fabriciova V, Lebrón-Mora L, Malfatti J, Smolik O, Valihrach L, Benesova S, Zucha D, Berkova Z, Saudek F, Evans SM, Pavlinkova G. Cell Biosci. 2023 Mar 10;13(1):53.
• Glioblastoma and cerebral organoids: development and analysis of an in vitro model for glioblastoma migration. Fedorova V, Pospisilova V, Vanova T, Amruz Cerna K, Abaffy P, Sedmik J, Raska J, Vochyanova S, Matusova Z, Houserova J, Valihrach L, Hodny Z, Bohaciakova D. Mol Oncol. 2023 Apr;17(4):647-663. doi: 10.1002/1878-0261.13389. Epub 2023 Feb 18. PMID: 36744875.
• ISL1 is necessary for auditory neuron development and contributes toward tonotopic organization. Filova I, Pysanenko K, Tavakoli M, Vochyanova S, Dvorakova M, Bohuslavova R, Smolik O, Fabriciova V, Hrabalova P, Benesova S, Valihrach L, Cerny J, Yamoah EN, Syka J, Fritzsch B, Pavlinkova G. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Sep 13;119(37):e2207433119. doi: 10.1073/pnas.2207433119. Epub 2022 Sep 8. PMID: 36074819.
• Decoding the Transcriptional Response to Ischemic Stroke in Young and Aged Mouse Brain. Androvic P, Kirdajova D, Tureckova J, Zucha D, Rohlova E, Abaffy P, Kriska J, Valny M, Anderova M, Kubista M, Valihrach L. Cell Rep. 2020 Jun 16;31(11):107777. doi: 10.1016/j.celrep.2020.107777. PMID: 32553170.

Single-cell RNA-seq

• NEUROD1 reinforces endocrine cell fate acquisition in pancreatic development. Bohuslavova R, Fabriciova V, Smolik O, Lebrón-Mora L, Abaffy P, Benesova S, Zucha D, Valihrach L, Berkova Z, Saudek F, Pavlinkova G. Nat Commun. 2023 Sep 9;14(1):5554. doi: 10.1038/s41467-023-41306-6. PMID: 37689751.
• Cortical glia in SOD1(G93A) mice are subtly affected by ALS-like pathology. Filipi T, Matusova Z, Abaffy P, Vanatko O, Tureckova J, Benesova S, Kubiskova M, Kirdajova D, Zahumensky J, Valihrach L, Anderova M. Sci Rep. 2023 Apr 21;13(1):6538. doi: 10.1038/s41598-023-33608-y. PMID: 37085528.
• Transient astrocyte-like NG2 glia subpopulation emerges solely following permanent brain ischemia. Kirdajova D, Valihrach L, Valny M, Kriska J, Krocianova D, Benesova S, Abaffy P, Zucha D, Klassen R, Kolenicova D, Honsa P, Kubista M, Anderova M. Glia. 2021 Nov;69(11):2658-2681. doi: 10.1002/glia.24064. Epub 2021 Jul 27. PMID: 34314531.

Spatial transcriptomics

• Spatiotemporal transcriptomic map of ischemic brain injury. Zucha D, Abaffy P, Kirdajova D, Jirak D, Anderova M, Kubista M, Valihrach L. BioRxiv 2023.03.28.534553; doi: 10.1101/2023.03.28.534553.

Single-cell RT-qPCR

• The deletion of AQP4 and TRPV4 affects astrocyte swelling/volume recovery in response to ischemia-mimicking pathologies. Hermanova Z, Valihrach L, Kriska J, Maheta M, Tureckova J, Kubista M, Anderova M. Front Cell Neurosci. 2024 May 15;18:1393751. doi: 10.3389/fncel.2024.1393751. eCollection 2024. PMID: 38818517
• Compromised Astrocyte Swelling/Volume Regulation in the Hippocampus of the Triple Transgenic Mouse Model of Alzheimer's Disease. Tureckova J, Kamenicka M, Kolenicova D, Filipi T, Hermanova Z, Kriska J, Meszarosova L, Pukajova B, Valihrach L, Androvic P, Zucha D, Chmelova M, Vargova L, Anderova M. Front Aging Neurosci. 2022 Jan 27;13:783120. doi: 10.3389/fnagi.2021.783120. PMID: 35153718.
• High potassium exposure reveals the altered ability of astrocytes to regulate their volume in the aged hippocampus of GFAP/EGFP mice. Kolenicova D, Tureckova J, Pukajova B, Harantova L, Kriska J, Kirdajova D, Vorisek I, Kamenicka M, Valihrach L, Androvic P, Kubista M, Vargova L, Anderova M. Neurobiol Aging. 2020 Feb;86:162-181. doi: 10.1016/j.neurobiolaging.2019.10.009. Epub 2019 Oct 22. PMID: 31757575.
• Performance Comparison of Reverse Transcriptases for Single-Cell Studies. Zucha D, Androvic P, Kubista M, Valihrach L. Clin Chem. 2020 Jan 1;66(1):217-228. doi: 10.1373/clinchem.2019.307835. PMID: 31699702.
• A single-cell analysis reveals multiple roles of oligodendroglial lineage cells during post-ischemic regeneration. Valny M, Honsa P, Waloschkova E, Matuskova H, Kriska J, Kirdajova D, Androvic P, Valihrach L, Kubista M, Anderova M. Glia. 2018 May;66(5):1068-1081. doi: 10.1002/glia.23301. Epub 2018 Feb 2. PMID: 29393544.
• Generation of reactive astrocytes from NG2 cells is regulated by sonic hedgehog. Honsa P, Valny M, Kriska J, Matuskova H, Harantova L, Kirdajova D, Valihrach L, Androvic P, Kubista M, Anderova M. Glia. 2016 Sep;64(9):1518-31. doi: 10.1002/glia.23019. Epub 2016 Jun 24. PMID: 27340757.

Small RNA profiling

• Small RNA-Sequencing for Analysis of Circulating miRNAs: Benchmark Study. Androvic P, Benesova S, Rohlova E, Kubista M, Valihrach L. J Mol Diagn. 2022 Apr;24(4):386-394. doi: 10.1016/j.jmoldx.2021.12.006. Epub 2022 Jan 23. PMID: 35081459.
• Two-tailed RT-qPCR panel for quality control of circulating microRNA studies. Androvic P, Romanyuk N, Urdzikova-Machova L, Rohlova E, Kubista M, Valihrach L. Sci Rep. 2019 Mar 12;9(1):4255. doi: 10.1038/s41598-019-40513-w. PMID: 30862831.
• Two-tailed RT-qPCR: a novel method for highly accurate miRNA quantification. Androvic P, Valihrach L, Elling J, Sjoback R, Kubista M. Nucleic Acids Res. 2017 Sep 6;45(15):e144. doi: 10.1093/nar/gkx588. PMID: 28911110.

Naše služby zahrnují celý experimentální proces, včetně návrhu experimentu, přípravy vzorků a kontroly kvality, přípravy knihoven, sekvenování a analýzy dat. Tyto služby jsou dostupné jak akademickým, tak externím komerčním uživatelům.

Konzultace a návrh experimentu
Každý úspěšný projekt začíná kvalitním návrhem experimentu.

• Pomoc s výběrem metody.
• Poradenství ke sběru vzorků.
• Doporučení nástrojů pro kontrolu kvality.
• Možnosti pilotního experimentu.
• Možnosti analýzy dat.

Příprava vzorků, zpracování a kontrola kvality
Komplexní protokol pro zajištění vysoce kvalitních dat pro Váš výzkum.

• Extrakce RNA.
• Posouzení kvality a množství RNA (pomocí Nanodrop, Qubit, Fragment Analyzer).
• Kontrola kvality pomocí RT-qPCR.
• Posouzení viability buněk.

Reverzní transkripční kvantitativní PCR (RT-qPCR)
Standardizovaná cílená analýza mRNA pro různé výzkumné potřeby.

• Návrh a validace primerů.
• Primery pro kontrolu kvality.
• Bulkové i jednobuněčné profilování RNA (Bio-Rad CFX96 a CFX384).
• Vysokokapacitní mRNA profilování (BioMark).

Digitální dropletová PCR
Absolutní kvantifikace cílových molekul DNA nebo RNA.

• Návrh a validace primerů.
• QX200 Droplet Digital PCR System od společnosti Bio-Rad.

Bulková transkriptomika
Analýza celého transkriptomu v tkáňových nebo buněčných kulturách.

• QuantSeq 3’ mRNA-Seq V2 Library Prep Kit od společnosti Lexogen (link) pro profilování exprese pomocí analýzy 3' konců mRNA.
• NEBNext® Ultra™ II Directional RNA Library Prep Kit (link) pro analýzu transkriptomu po celé délce mRNA.
• Cena od 1 400 CZK za vzorek.*

Profilování malých RNA
Cílená a celogenomová analýza transkriptomu malých RNA.

• Two-tailed RT-PCR (link) pro analýzu jednotlivých miRNA.
• RealSeq Small RNA Library Kit from RealSeq Biosciences (link) pro celogenomovou analýzu malých RNA.
• Cena od 3 000 CZK za vzorek.*

Jednobuněčná transkriptomika
Analýza transkriptomu na úrovni jednotlivých buněk, přizpůsobitelná jakékoliv velikosti projektu.

• Evercode od společnosti Parse Biosciences (link) pro velké projekty.
• Chromium Single Cell Gene Expression od společnosti 10x Genomics (link) pro středně velké experimenty.
• PIPseq V od společnosti FluentBiosciences (link) pro projekty různých velikostí.
• Smart-seq3xpress plate-based technologie (link) pro analýzu vzácných buněk.
• Cena od 10 000 CZK za vzorek.*

Prostorová transkriptomika
Analýza celého transkriptomu s prostorovým rozlišením.

• Visium Spatial Gene Expression od společnosti 10x Genomics (link) pro prostorovou analýzu celého transkriptomu.
• Cena od 60 000 CZK za vzorek.*

Sekvenační služby

• Cenově výhodné sekvenování s použitím nejnovější platformy NovaSeqX (link).**
• Možnost sdíleného sekvenačního běhu.
• Od 22 000 CZK za 1 miliardu readů.*

Analýza dat

• Podpora při přípravě dat a základní analýze.
• Analýza dat pro bulkovou transkriptomiku.
• Software s intuitivním ovládáním pro komplexní analýzu jednobuněčných dat.
  
  

* Ceny jsou orientační a jsou uvedeny bez DPH. Podrobné cenové nabídky jsou k dispozici na vyžádání na genecore@ibt.cas.cz. Konečná cena závisí na počtu vzorků a liší se pro interní uživatele, akademické uživatele a externí komerční uživatele.

** Sekvenační služby jsou poskytovány pomocí platformy NovaSeqX, umístěné v budově BIOCEV a spravované 1. Lékařskou fakultou Univerzity Karlovy.

CFX96 // BioRad // qPCR

CFX384 // BioRad // qPCR

QX200 // Biorad // dPCR

Biomark // Fluidigm // vysokokapacitní qPCR

EpMotion P5073 // Eppendorf // pipetovací robot

Fragment Analyzer 5200// Agilent // kapilární elekroforéza pro kontrolu kvality nukleových kyselin

CellenOne // Cellenion // automatický systém pro sběr jednotlivých buněk nanodispenzor

Chromium Controller // 10x Genomics // Příprava knihoven pro single cell analýzu

PIPseq T2 3’ Single Cell Equipment // FluentBiosciences // Certifikované příslušenství pro přípravu knihoven