Laboratoř struktury a funkce biomolekul

Vlastní stránky Laboratoře struktury a funkce biomolekul - https://sites.google.com/site/pragueprotein/

Funkce biologických makromolekul (proteinů, nukleových kyselin a komplexů) je úzce spojena s jejich prostorovou strukturou. V naší laboratoři určujeme 3D struktury těchto molekul, a to pomocí fyzikálních metod. Naším cílem je objasnit roli konkrétních makromolekul v jejich přirozeném prostředí, v buňce, tkáni a v organizmu. Proto 3D strukturu doplňujeme dalšími experimenty. Tam, kde je to možné, snažíme se o možné využití našich výsledků v biomedicíně či v biotechnologických aplikacích.

Cílové molekulární systémy

Zabýváme se vztahem struktury a funkce nových enzymů nebo enzymů, které se dají novým způsobem využít. Jsou to např. nukleázy nespecifické vzhledem k cukrům, oxidoreduktázy závislé na iontech kovů, oxidoreduktázy závislé na flavinu a proteázy. Většina projektů je cílena na možné aplikace (např. v potravinářském průmyslu, textilním průmyslu nebo při recyklaci odpadu), některé mají potenciál pro využití v lékařství. Spolupracujeme např. s dánskou firmou Novozymes A/S a s laboratoří Petry Lipovové z VŠCHT v Praze.

Dále jsme zapojeni ve výzkumu přirozených zabíječských buněk, zvláště jejich povrchových receptorů, a to ve spolupráci s Ondřejem Vaňkem z PřF Univerzity Karlovy. Studujeme strukturní vlastnosti těchto receptorů a zvláště způsob, jakým mezi sebou vytvářejí komplexy. Zaměřujeme se na receptory ze savčích imunitních systémů, jejichž porozumění je důležité pro léčbu rakoviny a virových infekcí.

Mechanismy bakteriální transkripce z hlediska vztahu struktura-funkce jsou předmětem naší spolupráce s Liborem Krásným (Mikrobiologický ústav AV ČR). Tyto výsledky mohou být využity v boji proti bakteriálním patogenům.

Používané metody

• Rekombinantní produkce studovaných proteinů, jejich purifikace a charakterizace
• Rtg. krystalografie, kryo-elektronová mikroskopie, maloúhlový rozptyl rtg. záření (SAXS)
• Biofyzikální techniky
• Spektroskopické metody

Pro krystalizaci biomolekul a měření rtg. difrakce využíváme vybavení Centra molekulární struktury v našem ústavu, zejména difraktometr D8 Venture s galiovým zdrojem rtg. záření (MetalJet). Pro měření SAXS experimentů využíváme další špičkové vybavení našeho ústavu: přístroj SAXSPoint 2.0 se zdrojem rtg. záření MetalJet a detektorem Eiger. Náročnější experimenty jsou prováděny na evropských zdrojích synchrotronového záření.

Vývoj nových metod, výuka a služby centra pro strukturní biologii

Věnujeme se též vývoji krystalografických metod (krystalizace, zpracování dat, řešení fázového problému, upřesňování struktur, validace modelů) a výuce na pražských univerzitách (zaměření na strukturní metody).

Od roku 2008 jsme se podíleli na návrhu Centra molekulární struktury BTÚ AV ČR v Biocevu. Od roku 2015 přispíváme k zajištění jeho financování, provozu, modernizaci a zapojení do České infrastruktury pro strukturní biologii a do evropské infrastruktury Instruct-ERIC.

Další informace:
https://sites.google.com/site/structuregallery/
https://sites.google.com/site/pragueprotein/

2024

• Kovaľ T, Borah N, Sudzinová P, Brezovská B, Šanderová H, Vaňková Hausnerová V, Křenková A, Hubálek M, Trundová M, Adámková K, Dušková J, Schwarz M, Wiedermannová J, Dohnálek J, Krásný L, Kouba T. Mycobacterial HelD connects RNA polymerase recycling with transcription initiation. Nat Commun. 2024 Oct 9;15(1):8740. doi: 10.1038/s41467-024-52891-5. PMID: 39384756.

• Adámková K, Trundová M, Kovaľ T, Husťáková B, Kolenko P, Dušková J, Skálová T, Dohnálek J. Substrate preference, RNA binding and active site versatility of Stenotrophomonas maltophilia nuclease SmNuc1, explained by a structural study. FEBS J. 2024 Oct 3. doi: 10.1111/febs.17265. Epub ahead of print. PMID: 39361520.

2023

• Agirre J, Atanasova M, Bagdonas H, Ballard CB, Baslé A, Beilsten-Edmands J, Borges RJ, Brown DG, Burgos-Mármol JJ, Berrisford JM, Bond PS, Caballero I, Catapano L, Chojnowski G, Cook AG, Cowtan KD, Croll TI, Debreczeni JÉ, Devenish NE, Dodson EJ, Drevon TR, Emsley P, Evans G, Evans PR, Fando M, Foadi J, Fuentes-Montero L, Garman EF, Gerstel M, Gildea RJ, Hatti K, Hekkelman ML, Heuser P, Hoh SW, Hough MA, Jenkins HT, Jiménez E, Joosten RP, Keegan RM, Keep N, Krissinel EB, Kolenko P, Kovalevskiy O, Lamzin VS, Lawson DM, Lebedev AA, Leslie AGW, Lohkamp B, Long F, Malý M, McCoy AJ, McNicholas SJ, Medina A, Millán C, Murray JW, Murshudov GN, Nicholls RA, Noble MEM, Oeffner R, Pannu NS, Parkhurst JM, Pearce N, Pereira J, Perrakis A, Powell HR, Read RJ, Rigden DJ, Rochira W, Sammito M, Sánchez Rodríguez F, Sheldrick GM, Shelley KL, Simkovic F, Simpkin AJ, Skubak P, Sobolev E, Steiner RA, Stevenson K, Tews I, Thomas JMH, Thorn A, Valls JT, Uski V, Usón I, Vagin A, Velankar S, Vollmar M, Walden H, Waterman D, Wilson KS, Winn MD, Winter G, Wojdyr M, Yamashita K. (2023ú "The CCP4 suite: integrative software for macromolecular crystallography."Acta Crystallogr D Struct Biol.79(Pt 6):449-461. doi: 10.1107/S2059798323003595.

• Husťáková B, Trundová M, Adámková K, Kovaľ T, Dušková J, Dohnálek J.(2023)"A highly active S1-P1 nuclease from the opportunistic pathogen Stenotrophomonas maltophilia cleaves c-di-GMP." FEBS Lett. 597(16):2103-2118. doi: 10.1002/1873-3468.14683. Epub 2023 Jun 19. PMID: 37309731.

• Kolenko P, Mikulecký P, Pham PN, Malý M, Schneider B.(2023)"Diffraction anisotropy and paired refinement: crystal structure of H33, a protein binder to interleukin 10."J Appl Crystallogr., 56(Pt 4):1261-1266. doi: 10.1107/S160057672300479X. PMID: 37555209; PMCID: PMC10405593.

• Malý, M., Kolenko, P., Stránský, J., Švecová, L., Dušková, J., Kovaľ, T., Skálová, T., Trundová, M., Adámková, K.,  Černý,J., Božíková, P., Dohnálek, J. (2023) "Tetracycline-modifying enzyme SmTetX from Stenotrophomonas
  maltophilia" Acta Cryst. F79, 180–192. https://doi.org/10.1107/S2053230X23005381

2022

• Adamkova, K., Koval, T., Ostergaard, L. H., Duskova, J., Maly, M., Svecova, L., Skalova, T., Kolenko, P., & Dohnalek, J. (2022). Atomic resolution studies of S1 nuclease complexes reveal details of RNA interaction with the enzyme despite multiple lattice-translocation defects. Acta Crystallogr D Struct Biol, 78(Pt 10), 1194-1209. https://doi.org/10.1107/S2059798322008397

• Blaha, J., Skalova, T., Kalouskova, B., Skorepa, O., Cmunt, D., Grobarova, V., Pazicky, S., Polachova, E., Abreu, C., Stransky, J., Koval, T., Duskova, J., Zhao, Y., Harlos, K., Hasek, J., Dohnalek, J., & Vanek, O. (2022). "Structure of the human NK cell NKR-P1:LLT1 receptor:ligand complex reveals clustering in the immune synapse." Nature Communications, 13(1), 5022. https://doi.org/10.1038/s41467-022-32577-6
• Dohnalek, J., Skalova, T. (2022, Sep). "C-type lectin-(like) fold - Protein-protein interaction patterns and utilization." Biotechnol Adv, 58, 107944. https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2022.107944

2021

• Dohnalek, J., Duskova, J., Tishchenko, G., Kolenko, P., Skalova, T., Novak, P., Fejfarova, K., & Simunek, J. (2021). "Chitinase Chit62J4 Essential for Chitin Processing by Human Microbiome Bacterium Clostridium paraputrificum J4." Molecules, 26(19). https://doi.org/10.3390/molecules26195978

• Maly, M., Diederichs, K., Dohnalek, J., Kolenko, P. (2021). "PAIREF: paired refinement also for Phenix users. Acta Crystallogr F Struct Biol Commun, 77(Pt 7), 226-229. https://doi.org/10.1107/S2053230X21006129

• Pham, P. N., Huliciak, M., Biedermannova, L., Cerny, J., Charnavets, T., Fuertes, G., Herynek, S., Kolarova, L., Kolenko, P., Pavlicek, J., Zahradnik, J., Mikulecky, P., & Schneider, B. (2021). Protein Binder (ProBi) as a New Class of Structurally Robust Non-Antibody Protein Scaffold for Directed Evolution. Viruses, 13(2).

• Svecova, L., Ostergaard, L. H., Skalova, T., Schnorr, K. M., Koval, T., Kolenko, P., Stransky, J., Sedlak, D., Duskova, J., Trundova, M., Hasek, J., & Dohnalek, J. (2021). "Crystallographic fragment screening-based study of a novel FAD-dependent oxidoreductase from Chaetomium thermophilum." Acta Crystallogr D Struct Biol, 77(Pt 6), 755-775. https://doi.org/10.1107/S2059798321003533

• Taudte, N., Linnert, M., Rahfeld, J. U., Piechotta, A., Ramsbeck, D., Buchholz, M., Kolenko, P., Parthier, C., Houston, J. A., Veillard, F., Eick, S., Potempa, J., Schilling, S., Demuth, H. U., Stubbs, M. T., 2nd. (2021). "Mammalian-like type II glutaminyl cyclases in Porphyromonas gingivalis and other oral pathogenic bacteria as targets for treatment of periodontitis." J Biol Chem. https://doi.org/10.1074/jbc.RA120.016836 (ASEP)

2020

• Maly, M., Diederichs, K., Dohnalek, J., & Kolenko, P. (2020). "Paired refinement under the control of PAIREF." Iucrj, 7, 681-692.

• Khakurel, K.P., Espinoza, S., Savko, M., Polovinkin, V., Dohnalek, J., Shepard, W., Angelova, A., Hajdu, J., Andreasson, J., Angelov, B. (2020) "Kilohertz Macromolecular Crystallography Using an EIGER Detector at Low X-ray Fluxes." Crystals, 10(12), 1146.

• Kouba, T., Koval’, T. , Sudzinová, P., Pospíšil, J., Brezovská, B., Hnilicová, j., Šanderová, H., Janoušková, M., Šiková, M., Halada, P., Sýkora, M., Barvík, I., Nováček, J., Trundová, M., Dušková, J., Skálová, T., Murakami, K.S., Dohnálek, J., Krásný, L. (2020) "Mycobacterial HelD is a nucleic acids-clearing factor for RNA polymerase." Nat Comm, 11(6419).

• Polovinkin, V., Khakurel, K., Babiak, M., Angelov, B., Schneider, B., Dohnalek, J., Adreasson, J., Hajdu, J. (2020) "Demonstration of electronic diffraction from membrane protein crystals grown in a lipidic mesophase after lamella preparation by focused ion beam milling at cryogenic temperatures." J Appl Crystallogr, 53(6), 1416-1424

• Skalova, T., Lengalova, A., Dohnalek, J., Harlos, K., Mihalcin, P., Kolenko, P., Stranava, M., Blaha, J., Shimizu, T., & Martinkova, M. (2020). "Disruption of the dimerization interface of the sensing domain in the dimeric heme-based oxygen sensor AfGcHK abolishes bacterial signal transduction." J Biol Chem, 295(6), 1587-1597.

• Skorepa, O., Pazicky, S., Kalouskova, B., Blaha, J., Abreu, C., Jecmen, T., Rosulek, M., Fish, A., Sedivy, A., Harlos, K., Dohnalek, J., Skalova, T., & Vanek, O. (2020). "Natural Killer Cell Activation Receptor NKp30 Oligomerization Depends on Its N-Glycosylation." Cancers (Basel), 12(7).

2019

• Koval, T., L. Svecova, L. H. Ostergaard, T. Skalova, J. Duskova, J. Hasek, P. Kolenko, K. Fejfarova, J. Stransky, M. Trundova and J. Dohnalek (2019). "Trp-His covalent adduct in bilirubin oxidase is crucial for effective bilirubin binding but has a minor role in electron transfer." Scientific Reports 9: 13.

• Kovaľ, T., P. Sudzinová, T. Perháčová, M. Trundová, T. Skálová, K. Fejfarová, H. Šanderová, L. Krásný, J. Dušková and J. Dohnálek (2019). "Domain structure of HelD, an interaction partner of Bacillus subtilis RNA polymerase." FEBS Letters 593(9): 996-1005.

• Kovaľová, T., T. Kovaľ, E. Benešová, P. Vodičková, V. Spiwok, P. Lipovová and J. Dohnálek (2019). "Active site complementation and hexameric arrangement in the GH family 29; a structure–function study of α-l-fucosidase isoenzyme 1 from Paenibacillus thiaminolyticus." Glycobiology 29(1): 59-73.

• Kuban, V., P. Srb, H. Stegnerova, P. Padrta, M. Zachrdla, Z. Jaseňáková, H. Šanderová, D. Vítovská, L. Krásný, T. Kovaľ, J. Dohnálek, J. Ziemska-Legiecka, M. Grynberg, P. Jarnot, A. Gruca, M. R. Jensen, M. Blackledge and L. Zidek (2019). "Quantitative Conformational Analysis of Functionally Important Electrostatic Interactions in the Intrinsically Disordered Region of Delta Subunit of Bacterial RNA Polymerase." Journal of the American Chemical Society 141(42): 16817-16828.

• Sechovcová, H., L. Kulhavá, K. Fliegerová, M. Trundová, D. Morais, J. Mrázek and J. Kopečný (2019). "Comparison of enzymatic activities and proteomic profiles of Butyrivibrio fibrisolvens grown on different carbon sources." Proteome Science 17:2: 1-12.

• Skalová, T., A. Lengalová, J. Dohnálek, K. Harlos, P. Mihalcin, P. Kolenko, M. Stranava, J. Bláha, T. Shimizu and M. Martínková (2019). "Disruption of the dimerization interface of the sensing domain in the dimeric heme-based oxygen sensor AfGcHK abolishes bacterial signal transduction " Journal of Biological Chemistry.

• Tishchenko, G., Morganti, P., Stoller, M., Kelnar, I., Mikešová, J., Kovářová, J., Hašek, J., Kužel, R., Netopilík, M., Kaprálková, L., Špírková, M., Pavlova, E., Chánová, E., Brožová, L., Pekárek, M., Kobera, L., Sedláková, Z., Kubies, D. (2019). Chitin nanofibrils-chitosan composite films: characterization and properties. Bionanotechnology to save the environment. Plant and fishery's biomass as alternative to petrol. P. Morganti. Basel: 191-226.

2018

• Trundová, M., T. Kovaľ, R. J. Owens, K. Fejfarová, J. Dušková, P. Kolenko and J. Dohnálek (2018 ). "Highly stable single-strand-specific 3′-nuclease/nucleotidase from Legionella pneumophila." International Journal of Biological Macromolecules 114: 776-787.

• Kovaľ, T. and J. Dohnálek (2018). "Characteristics and application of S1-P1 nucleases in biotechnology and medicine." Biotechnology Advances 36(3): 603-612.

• Malý, M., T. Skálová, L. Švecová, J. Dohnálek, J. Bláha, O. Vaněk, K. Harlos and P. Kolenko (2018). "Paired refinement: Impact of reintegration and rescaling. ." Sborník Osmé Studentské vědecké konference fyziky pevných látek FJFI ČVUT, 17.- 21. 9. 2018, Sedliště: 8-10.

• Podzimek, T., T. Přerovská, J. Šantrůček, T. Kovaľ, J. Dohnálek, J. Matoušek and P. Lipovová (2018). "N-glycosylation of tomato nuclease TBN1 produced in N. benthamiana and its effect on the enzyme activity." Plant Science 276: 152-161.

• Švecová, L., T. Skálová, T. Kovaľ, L. H. Østergaard, P. Kolenko, M. Malý and J. Dohnálek (2018). "Thermal stability of FAD-dependent oxidoreductase CtAO from thermophilic fungus Chaetomium thermophilum." Sborník Osmé Studentské vědecké konference fyziky pevných látek FJFI ČVUT, 17.- 21. 9. 2018, Sedliště: 5-7.

• Tishchenko, G., P. Morganti, M. Stoller, I. Kelnar, J. Mikešová, J. Kovářová, J. Hašek, R. Kužel, M. Netopilík, L. Kaprálková, M. Špírková, E. Pavlová, E. Chanová, L. Brožová, M. Pekárek, L. Kobera, Z. Sedláková and D. Kubies (2018). "Chitin Nanofibrils-Chitosan CompositeFilms: Characterization and Properties." Bionanotechnology to Save the Environment. Plant and Fishery’s Biomass as Alternative to Petrol;

• Pierfrancesco Morganti, Ed.; MDPI: Basel, Switzerland, 2018; Page Range. ISBN 978-3-03842-692-9: 191-226.

• Zahradnik, J., P. Kolenko, A. Palyzova, J. Cerny, L. Kolarova, E. Kyslikova, H. Maresova, M. Grulich, J. Nunvar, M. Sulc, P. Kyslik and B. Schneider (2018). "The crystal structure of XdpB, the bacterial old yellow enzyme, in an FMN-free form." Plos One 13(4): e0195299.

• Zahradnik, J., L. Kolarova, H. Parizkova, P. Kolenko and B. Schneider (2018). "Interferons type II and their receptors R1 and R2 in fish species: Evolution, structure, and function." Fish Shellfish Immunol 79: 140-152.

2017

• Malý, M., J. Dušková, L. H. Østergaard, J. Stránský, L. Švecová, P. Kolenko and J. Dohnálek (2017). "Difrakční limit v makromolekulární krystalografii. ." Sborník Sedmé Studentské vědecké konference fyziky pevných látek FJFI ČVUT, 18.- 22. 9. 2017, Sedliště: 50-52.

• Stranava, M., P. Man, T. Skálová, P. Kolenko, J. Bláha, V. Fojtíková, V. Martínek, J. Dohnálek, A. Lengalová, M. Rosůlek, T. Shimizu and M. Martínková (2017). "Coordination and redox state-dependent structural changes of the heme-based oxygen sensor AfGcHK associated with intraprotein signal transduction." Journal of Biological Chemistry 292(51): 20921-20935.

• Švecová, L., T. Koval, T. Skálová, L. H. Østergaard and J. Dohnálek (2017). "Spektroskopické studie bilirubin oxidázy a jejího mutantu. ." Sborník Sedmé Studentské vědecké konference fyziky pevných látek FJFI ČVUT, 18.- 22. 9. 2017, Sedliště: 47-49.

2016

• Agirre, J., A. Ariza, W. A. Offen, J. P. Turkenburg, S. M. Roberts, S. McNicholas, P. V. Harris, B. McBrayer, J. Dohnálek, K. D. Cowtan, G. J. Davies and K. S. Wilson (2016). "Three-dimensional structures of two heavily N-glycosylated Aspergillus sp. family GH3 beta-D-glucosidases." Acta crystallographica. Section D, Structural biology 72(Pt 2): 254-265.

• Dohnálek, J., McAuley, K. E., Brzozowski, A. M., Ostergaard, P. R., Svendsen, A., Wilson, K. S. (2016). Stabilization of enzymes by metal binding: structures of two alkalophilic Bacillus subtilases and analysis of the second metal-binding site of the subtilase family. Understanding Enzymes: Function, Design, Engineering and Analysis. A. Svendsen. Singapore, Pan Stanford Publishing Pte. Ltd.: 203-265.

• Fejfarová, K., A. Kádek, H. Mrázek, J. Hausner, V. Tretyachenko, T. Kovaľ, P. Man, J. Hašek and J. Dohnálek (2016). "Crystallization of nepenthesin I using a low-pH crystallization screen." Acta Crystallographica Section F-Structural Biology Communications 72: 24-28.

• Koval, T., L. H. Ostergaard, J. Lehmbeck, A. Norgaard, P. Lipovova, J. Duskova, T. Skalova, M. Trundova, P. Kolenko, K. Fejfarova, J. Stransky, L. Svecova, J. Hasek and J. Dohnalek (2016). "Structural and Catalytic Properties of S1 Nuclease from Aspergillus oryzae Responsible for Substrate Recognition, Cleavage, Non-Specificity, and Inhibition." Plos One 11(12): 25.

• Malý, M., J. Dušková, Ø. L. H, J. Stránský, L. Švecová, P. Kolenko and J. Dohnálek (2016). "Optimalizace parametrů zpracování difrakčních dat oxidázy z Microdochium nivale." Sborník  Šesté Studentské vědecké konference fyziky pevných látek FJFI ČVUT, 27.6 - 1. 7. 2016, Sedliště: 5-9.

• Mikulecky, P., J. Zahradnik, P. Kolenko, J. Cerny, T. Charnavets, L. Kolarova, I. Necasova, P. N. Pham and B. Schneider (2016). "Crystal structure of human interferon-gamma receptor 2 reveals the structural basis for receptor specificity." Acta Crystallogr D Struct Biol 72(Pt 9): 1017-1025.

• Stránský, J., L. Švecová, P. Kolenko and J. Dohnálek (2016). "Analýza vlivu expozice na difrakční data a model struktury proteinu." Sborník  Šesté Studentské vědecké konference fyziky pevných látek FJFI ČVUT, 27.6 - 1. 7. 2016, Sedliště: 10-15.

2015

• Pekarova, M., A. Koudelka, H. Kolarova, G. Ambrozova, A. Klinke, A. Cerna, J. Kadlec, M. Trundova, L. Sindlerova Svihalkova, R. Kuchta, Z. Kuchtova, A. Lojek and L. Kubala (2015). "Asymmetric dimethyl arginine induces pulmonary vascular dysfunction via activation of signal transducer and activator of transcription 3 and stabilization of hypoxia-inducible factor 1-alpha." Vascular Pharmacology 73: 138-148.

• Skalova, T., J. Blaha, K. Harlos, J. Duskova, T. Koval, J. Stransky, J. Hasek, O. Vanek and J. Dohnalek (2015). "Four crystal structures of human LLT1, a ligand of human NKR-P1, in varied glycosylation and oligomerization states." Acta Crystallographica Section D-Structural Biology 71: 578-591.

• Stransky, J., T. Koval, T. Podzimek, A. Tycova, P. Lipovova, J. Matousek, P. Kolenko, K. Fejfarova, J. Duskova, T. Skalova, J. Hasek and J. Dohnalek (2015). "Phosphate binding in the active centre of tomato multifunctional nuclease TBN1 and analysis of superhelix formation by the enzyme." Acta Crystallographica Section F-Structural Biology Communications 71: 1408-1415.

• Stránský, J. and J. Dohnálek (2015). "Zanedbávaný parametr difrakcního experimentu: expozicní cas." Sborník Páté Studentské vědecké konference fyziky pevných látek FJFI ČVUT, 14. - 19. 9. 2015, Byňov 22-27.

• Švecová, L., T. Koval, T. Skálová, L. H. Østergaard and J. Dohnálek (2015). "Krystalová struktura Bilirubin oxidázy z Myrothecium verrucaria s ligandem v aktivním místě. ." Sborník Páté Studentské vědecké konference fyziky pevných látek FJFI ČVUT, 14. - 19. 9. 2015, Byňov: 28-32.

2014

• Mikešová, J., J. Hašek, G. Tishchenko and P. MorganticaInstitute (2014). "Rheological study of chitosan acetate solutions containing chitinnanofibrils." Carbohydrate Polymers 112: 753-757.

• Stránský, J. and J. Dohnálek (2014). "Optimalizace parametrů pro řešení fázového problému metodou S-SAD." Sborník Čtvrté Studentské vědecké konference fyziky pevných látek FJFI ČVUT, 23. - 27. 6. 2014, Penzion Kamínek: 67-72.

2013

• Skalova, T., P. Kolenko, J. Duskova, T. Koval, J. Hasek, J. Stransky and J. Dohnalek (2013). "NK receptors and ligands with C-type lectine-like fold: Structure and function." Acta Crystallographica a-Foundation and Advances 69: S302-S302.

MŠMT: CZ.02.01.01/00/23_015/0008175, J. Dohnálek: Inovace České infrastruktury pro integrativní strukturní biologii. 2024 – 2026

GAČR: 25-17546S, J. Dohnálek: Protonační a koordinační stavy kritické pro katalýzu nukleasy závislé na kovech. 2025 - 2027

GAČR: 25-16037S, T. Kovaľ: Fázová separace kapalina-kapalina a přirozená neuspořádanost proteinů v bakteriální transkripci. 2025 - 2027

MŠMT: 8J24FR008, T. Kovaľ: Využití neutronové difrakce při studiu protonace v interakcích protein – nukleová kyselina. 2024 - 2025

GAČR: GA23-06295S, J. Dohnálek: Kde se setkává transkripce s translací. 2023 – 2025

MŠMT: LM2023042, J. Dohnálek: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii. 2023 – 2026

MŠMT: EF18_046/0015974, J. Dohnálek: Modernizace České infrastruktury pro integrativní strukturní biologii. 2020 – 2023

MŠMT: EF16_013/0001776, J. Dohnálek: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii pro lidské zdraví. 2017 – 2021

MŠMT: EF15_003/0000447, J. Dohnálek: Strukturní dynamika biomolekulárních systémů. 2016 – 2023

HORIZON-INFRA-2021-EMERGENCY-02: 101046133, J. Dohnálek: Integrated Services for Infectious Disease Outbreak Research. 2022 – 2025

H2020: INFRAIA-2020-1: 101004806, Jan Dohnálek: MOlecular-Scale Biophysics Research Infrastructure (MOSBRI), 2021-2024

GAČR: GA20-12109S, Dohnálek: Unikátní mykobakteriální transkripční systém: složení, struktura a funkce. 2020-2022.

MŠMT: LM2018127, Dohnálek: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii. 2020-2022.

GAČR: GA18-10687S, Skálová: Nové ligandy pro staré receptory lidských NK buněk: struktura, uspořádání v imunologické synapsi a potenciál pro terapii. 2018-2020.

MŠMT: LM2015043, Dohnálek: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii. 2016-2019.

GAČR: GA15-05228S, Dohnálek: Určení buněčné role HelD, nového vazebného partnera bakteriální RNA polymerázy. 2015-2017.

MŠMT (program INGO II): LG14009, Dohnálek: Struktura a funkce proteinů pro biotechnologie a vývoj léčiv. 2014-2016.

GAČR: GAP302/11/0855, Dohnálek: RNA polymeráza: Průsečík regulačních sítí. 2011-2014.