MOSBRI konference řešila výzvy v oblasti správy dat v biofyzice

Vestec, Česká republika — Minulý týden hostil Biotechnologický ústav konferenci MOSBRI v centru BIOCEV, kde se sešli přední vědci, odborníci na datové úložiště a biofyzikové, aby řešili klíčové výzvy v oboru: efektivní správu a dostupnost dat. Dvoudenní akce, která se konala 7. a 8. listopadu, podpořila diskuse o pokrocích v interoperabilitě a integrativních přístupech ke sdílení a analýze dat.

S narůstající složitostí a rozmanitostí dat v biofyzikálním výzkumu roste naléhavá potřeba standardizovaných a přístupných dat. Výzkumníci často čelí problémům při sledování metod měření a původu dat, zejména když se snaží data znovu analyzovat pomocí alternativních modelů nebo provádět rozsáhlé metaanalýzy. Vzhledem k různorodým standardům pro sekce „Metody a materiály“ napříč vědeckými časopisy a nedostatku strukturovaného ukládání dat se zlepšení správy dat stalo prioritou v oboru. U mnoha experimentálních metod navíc neexistuje způsob, jak přistupovat ke strukturovaným datovým sadám, což znemožňuje vývoj přístupů založených na strojovém učení.

Pokrok v principech FAIR a interoperabilitě dat v biofyzice
Konference MOSBRI zdůraznila důležitost principů FAIR – aby data byla Dohledatelná (Findable), Přístupná (Accessible), Interoperabilní (Interoperable) a Znovupoužitelná (Reusable) – čímž položila základy pro snadnější vyhledávání a tvorbu datových systémů připravených na umělou inteligenci. Spojením klíčových aktérů z oblasti biofyzikálních úložišť a databází podpořila akce spolupráci a inovace ve strategiích správy dat.

Konference nabídla působivou sestavu hlavních přednášejících, kteří představili nejnovější pokroky v oblasti datové interoperability a integrace zdrojů, včetně:

• Maria-Jesus Martin z UniProt s přednáškou „UniProt a FAIR: Podpora interoperability v biologických datech“
• Brinda Vallat z PDB-dev s přednáškou „PDB-IHM: Integrativní a hybridní struktury v archivu PDB“
• Bonnie Wallace z PCDDB na téma „PCDDB – Přístup ke spektrům a metadatům pro CD a SRCD spektroskopii“
• Barbara Zdrazil z ChEMBL s přednáškou „Zdroje chemické biologie na EMBL-EBI: Podpora FAIR a dat připravených pro umělou inteligenci“
• Juan Antonio Vizcaíno z PRIDE s prezentací „Databáze PRIDE a ProteomeXchange: Jak principy FAIR revolucionalizovaly oblast proteomiky“

Tyto prezentace ukázaly, jak uvedené databáze definují a prosazují principy FAIR, zvyšují znovupoužitelnost dat a umožňují poloautomatickou analýzu pro vědce po celém světě. S důrazem na lepší dostupnost a spolupráci se konference MOSBRI zaměřila na výzvy v oblasti dat, kterým čelí biofyzikové, a představila nové strategie pro efektivní správu a využití surových měřených dat.

Během konsenzuálního jednání účastníci diskutovali hlavní problémy správy dat v molekulární biofyzice, včetně definice minimálních metadat, širokého spektra datových formátů a očekávání uživatelů v této oblasti.

V rámci aktivit MOSBRI v oblasti správy dat byla představena také nově vyvíjená Molecular Biophysics Database, zaměřená na surová data z molekulární biofyziky.